Longstreet war der wichtigste Untergebene General Robert E. Lees, der ihn seinen „Alten Haudegen“ (Old Warhorse) nannte. Longstreet diente als Kommandierender General sowohl in der Nord-Virginia-Armee auf dem östlichen Kriegsschauplatz als auch unter General Braxton Bragg in der Tennessee-Armee auf dem westlichen Kriegsschauplatz. Longstreet nahm an allen wichtigen Schlachten 1862 und 1863 auf dem östlichen Kriegsschauplatz teil. Auf dem westlichen Kriegsschauplatz verstärkte Longstreet entscheidend die Tennessee-Armee während der Schlacht am Chickamauga und führte autonom den Knoxville-Feldzug. Zurück auf dem östlichen Kriegsschauplatz wurde er während der Schlacht in der Wilderness schwer verwundet. Bei dem Angriff wurde er durch eigenes Feuer getroffen, nur wenige Kilometer von dem Ort entfernt, an dem 1863 General Jackson ebenfalls von eigenen Soldaten tödlich verwundet worden war. Nach seiner Genesung führte er erneut ein Korps unter Lee und nahm an der Belagerung von Petersburg und dem Appomattox-Feldzug teil. Der am meisten kontrovers diskutierte Einsatz fand in der Schlacht von Gettysburg statt, bei der er die taktische Auffassung General Lees nicht teilte und den verheerenden Infanterieangriff – später bekannt als Picketts Charge – nur zögernd führte.